Ternyata gampang banget membuat error 404 di Kohana 3. Yang kita perlu cuman catch all semua request yang ga ada di Route.

Bikin route seperti ini:

Route::set( 'catchall', '<path>',
     array( 'controller'    => 'catchall',
            'path'          => '.+'))
    ->defaults(array(
            'controller'    => 'catchall',
            'action'        => 'error',
    ));

Tempatkan route tersebut di paling bawah route kita.

Lalu buat Controller_Catchall, save di controller/catchall.php, isi dari controller tersebut seperti berikut:

class Controller_Catchall extends Controller_Template
{
    public $template = 'error404';

    public function action_error()
    {
        $this->request->status = 404;
    }
}

Kemudian kita buat view error404 tersebut, isinya cuman ngasih tau kalo halaman yang di panggil itu ga ada. Setelah dibikin, maka semua request yang ga match sama Route, akan di catch sama Controller ini.

source: Unofficial Kohana 3.0 Wiki